首先应该确认公司制定的管理制度有没有违反劳动法的规定，公司是否依照劳动法合法的与劳动者签订了劳动合同，并依照合同给付了工资；然后，根据公司的管理制度判定员工是否违反了制度和违反的程度，并能出具违反的证据和造成后果的证明；在证据确凿的情况下，下达解除劳动合同的函或通知；按照劳动法的规定，该追责的追责，该补偿的补偿。
劳动者严重违反公司规章制度，公司可以予以解除劳动合同，如果劳动者只是违法普通的规章制度，用人单位不得解除劳动合同，劳动者可以反馈到公司所在地的人力资源与社会保障局申请劳动仲裁，公司以严重违反用人单位的规章制度的，需要由公司举证。
相关法律法规依据：
《劳动合同法》
第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
第七十七条劳动者合法权益受到侵害的，有权要求有关部门依法处理，或者依法申请仲裁、提起诉讼。
第一：法律所认可的形式记录员工违反公司制度的文件；
第二：出具书面的解除劳动关系的通知函；
第三：办理解除劳动合同的手续。如果是给公司造成公司利益的损失，可向员工追偿，如果未造成，则办理手续后补偿员工法律规定的补偿金即可。
一、违反公司制度解除劳动合同流程
建立劳动关系后，员工要严格遵守公司的规章制度，一旦违反制度，给造成重大经济损失的，公司可以依法解除劳动合同。不过，按规定，公司想要跟员工解除劳动关系的，根据法定程序要提前通知或支付代通知金。所以，员工违反公司制度被解除劳动合同，公司是否有义务通知，可以先确定当前的法律规定。
按规定，员工有下列情形之一的，公司解除劳动合同不用提前通知：
1、员工在试用期间已经被证明不符合录用条件的；
2、员工严重违反公司的规章制度的；
3、员工严重失职，营私舞弊，给公司造成重大损害的；
4、员工同时与其他公司还建立劳动关系，对完成工作任务造成严重影响，或者经公司提出后拒不改正的；
5、因员工以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同致使劳动合同无效的；
6、员工被依法追究刑事责任的。
所以，发现员工违反公司制度，按规定公司可以解除劳动合同，但是，必须有个程度的划分，即要求严重违反制度。如果违反制度情况不严重，公司单方解除劳动合同的，要提前一个月通知，或者按规定支付代通知金，并且还要支付经济补偿金。
最后，因为判定员工有过错的话，公司解除劳动合同时不用支付经济补偿金，所以，有些公司便会随意以员工违反公司制度为由辞退，如果员工的过错不大，公司的行为即为违法，并损害员工的合法权益，员工可以积极采取劳动争议解决办法处理。
二、劳动关系是什么
劳动关系是指劳动者与用人单位依法签订劳动合同而在劳动者与用人单位之间产生的法律关系。劳动者接受用人单位的管理，从事用人单位安排的工作，成为用人单位的成员，从用人单位领取劳动报酬和受劳动保护。
用人单位，是指中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织。同时。也包括国家机关、事业单位、社会团体与劳动者建立劳动关系的。
员工严重违反公司管理制度，如何解除劳动合同？
我个人认为:
首先要看用人公司管理制度是否合情、合理、合法。
1.比如:劳动法规定，劳动者一天8小时工作制，每周规定双休日制，用人公司是否依法实施？
2.员工加班加点，用人公司是否依国家法规标准，付给员工应得的加班加点工资费？
3.如果因上述用人公司首先违反国法，故而员工与用人公司产生矛盾而影响工作或违反公司相关管理制度，我个人认为用人公司不应解除员工劳动合同。而且理应按劳动法相关规定，合理付给员工超出劳动工作时间的工资，毕竟国法大于公司合同法。
4.用人公司如因自身获得更多私有利益，时常改变决策制定超越劳动员工承受力的管理制度，故用人公司不应变向解除员工劳动合同。
5.如果用人公司，为加强自身品牌业务与供销业务不断扩大公司进行创新管理，并强加规定到每个非业务员员工，每天务必要转发三个微信群与微友，而且规定凡接受的微友也必须同样要转发三个以上，而在这之中，凡是微友接受转发务必要点允许私企公司获取对方多项公开信息权才可进入到转发状态，这也被进入到一些私企公司的管理制度当中，这不应予劳动合同相关连。
6.有些私企公司管理制度还规定，要求每个员工必须推销私本私企公司高价金银卡，并制定每个非业务员员工每日、每周、每月要为用人私企公司完成多少任务等等，否则未完成所分配任务的员工，则要按照相关管理制度量予以劳动金或工资罚扣，这种私企公司管理制度也不应与劳动合同相关连。
7.有些私企公司行使上述手法制定不合理管理制度，故而造成许多员工与用人私企公司产生矛盾，有些员工因承受不了便自动辞职，这正合用人私企公司老板所愿，老板并分批接受辞职，因为象这样的用人私企公司，几乎是长年在网上网下以高薪招聘为诱惑吸引新员工，所以后备新员工是不成问题的。
而这样的私企公司，一般长期只留下极少量的老员工来带队指导新员工便可，每当一批员工试用期将要圆满时，私企公司老板便可以以任何理由说试用员工不合格而任意辞退。
当对试用期满已签有合同不久的员工，用人私企公司老板在要履行招聘时许下的高薪资时，老板如果看到网上网下受招聘人员较多时，便会毫无人道的以疏通亲朋或奖励顾客等方式，来指定对试用期满的员工进行百般刁难和投诉，然后再结合其它方面未完成的任务或变向制造违反公司管理制度，再予以解除劳动合同，这对一般员工来说都是无助而又无奈的，事实上私企公司私定的某些管理制度是带剥削性质的。
8.现实中有些私企公司，长期使用卑劣的手段解除员工劳动合同，目的就是为低薪试用获高效率运作。现实中上各私企公司老板通过宾践运作，早就预知绝大部分新员工走上新岗位，普遍都是积极向上而又有好的表现，来顺利突破低薪试用期，并努力谋求获得正常的所谓高薪工资，所以绝大部分新员工工作基本上都是勤奋卖力的苦干的。可是一些黑心私企公司老板为了私利，常常严重败坏仁义道德，惯用种种悲劣手段和方式，来达到解除员工劳动合同，或逼员工自动辞职，以达到私企公司老板循环换血获大利。
这种现象，一般存在着许多无特技工种、普工、保安等等服务经商行业、公司与普通私企较多，故让广大求职者源源不断地为各大私企公司老板作无奉献。
8.不可否定也许确实有极少数员工，有或无意严重违反公司管理制度，并造成公司实际损失的，这种解除员工劳动合同是无可厚非的。